La Preghiera nell'Orto, da non confondersi con l'omonima tavola inserita nella Pala di San Zeno, introduce il problema del rapporto tra personaggio e natura. Si tratta di una relazione complessa e difficile: se è vero che il Cristo in preghiera domina con la sua mole il mondo circostante, è altresì evidente che l'universo incombe, mostrandosi nel suo aspetto più scabro e spigoloso. In questo senso, ben si comprende la necessità della fusione tra le architetture lontane e le scabre vette, quasi che i palazzi fossero a loro volta montagne, innalzate da una stirpe di uomini ormai scomparsa. Sperdute o immemori appaiono d'altra parte le figure di contorno; e non sarà neppure senza significato che Mantegna abbia voluto tratteggiare il suo nome proprio sopra una roccia.
Si ritiene che l'opera appartenga alla seconda metà degli anni cinquanta, ed è obbligatorio paragonarla a un dipinto del medesimo tema, compiuto in quel periodo da Giovanni Bellini.
Su questo tema, l'Argan ha svolto alcune importanti considerazioni:
E certo il problema del rapporto natura-storia è quello che unisce, tra il 1460 e 1470, il Bellini e il Mantegna...: solo che il Mantegna lo risolve riassorbendo la natura nella storia, il Bellini risolvendo la storia nella natura. La storia è tutta scritta e non può mutare: è la condizione di necessità che determina la rigorosa ricostruzione logica del classicismo mantegnesco... La divergenza della concezione mantegnesca e di quella belliniana emerge dal confronto di due opere di uguale soggetto e, anche nella composizione, molto simili: Nell'Orazione nell'orto di Londra il Mantegna mette a nudo, nella stratificazione delle rocce, la storia di una natura antica e, con l'avvento della spiritualità cristiana, scaduta, andata in rovina. La città nel fondo è Roma, cioè, per antonomasia, la storia: e storico, quindi compiuto e immutabile, è il fatto rappresentato. Poiché l'estremo colloquio di Cristo col Padre non può avere testimoni umani, per volere del cielo gli apostoli sono caduti in un sonno profondo. Solo i conigli sulla strada e gli uccelli sull'acqua alludono alla natura, al suo esistere fuori del tempo storico. Cristo ha una dimensione eroica, anche nella passione è signore della natura e della storia; e gli angeli non gli porgono il calice, ma i simboli della passione, e la loro schiera in cielo è la controparte della schiera dei soldati, ormai vicina.
